find . -type f -name '*.py' -exec sed -i -r 's/regexp/new_replacement/g' {} \;

Заменит во всех файлах *.py начиная от текущей директории строку regexp на new_replacement. (можно использовать regexp выражения)

Когда критично ручное подтверждение каждой замены, есть хороший GUI инструмент: http://regexxer.sourceforge.net/

деб-пакет есть:

sudo aptitude install regexxer